уведомьте - отправляют, приводят к таймауту параметра

notify-send испытайте таймаут параметр устанавливается с -t переключатель. В Вашем случае это -t 0 или 0 секунд, который переводится как "навсегда". Как таковой, а не нормальный всплывающий пузырь в верхнем правом это отображено как диалоговое окно.

Таким образом для этой части Вашего вопроса система работает обычно.

Только критические уведомления появляются

Уровень безотлагательности может быть передан как "низкое", "нормальное" или "критическое" использование -u переключатель. В Вашей среде (по причинам все же, чтобы быть обнаруженным) только обменивается сообщениями с "очень важным" уровнем безотлагательности, появляются:

notify-send --urgency=critical "Critical test"

При просмотре видео, нормальные сообщения безотлагательности не появятся. Это известно как режим "Do Not Disturb", представленный в Ubuntu 10.04.

Я протестировал это и в FireFox и в Chrome и в полном экране и неполном экране под версиями 4.4.0-104 и 4.4.10-42 Ядра.