У меня есть две программы; Retroshare и cameramonitor (которые являются отличными программами), которые не будут отображаться в системном трее. Это расстраивает.
Ответ зависит от системы, которую Вы имеете. При наличии подобной проблемы в Ubuntu 12,04 единиц я нашел:
Терминальная команда gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
показывает, что список приложений позволил использовать systray.
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist <whitelist>
изменяет список на требуемый белый список (синтаксис очевиден результатом предыдущего; можно проверить результат с ним),
Приложение Alltray изменяет эффект завершения окна к близко к systray.
Будьте осторожны! Для меня это хорошо работало для Skype, но использование 3-й опции, приведшей к глупому поведению в случае Firefox (открытый от systray открывает приложение, но меню только со скрытым окном и некоторыми функциями не работает - я все еще, борется против него).