Если бы подобная проблема, причина была довольно глупой;
Проверка журналов в /var/log/mongodb/mongod.log Я заметил следующую строку:
2015-04-13T10:56:37.132+0200 [initandlisten] ERROR: Insufficient free space for journal files
Надеясь, что это спасет кого-то наполовину час их жизни.