boost_thread не найден, ошибка установки illumina bcl2fastq 1.8.3, casava, illumina casava также показывает ту же ошибку

Я пытаюсь установить illumina bcl2fastq 1.8.3, на ubuntu 14.04, cmake - 2.8.4, повышение - 1.44. И cmake, и boost связаны только с bcl2fastq.

Я получаю следующую ошибку, может кто-нибудь объяснить мне эту ошибку, я не мог ее понять. Также объясните, как установить BOOST_LIBRARYDIR в каталог, содержащий библиотеки Boost, или BOOST_ROOT в местоположение Boost.

CMake Error at /tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/bootstrap/share/cmake-2.8/Modules/FindBoost.cmake:1128 (message):
  Unable to find the requested Boost libraries.

  Boost version: 1.44.0

  Boost include path: /tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/opt/bootstrap/include

  The following Boost libraries could not be found:

          boost_thread

  Some (but not all) of the required Boost libraries were found.  You may
  need to install these additional Boost libraries.  Alternatively, set
  BOOST_LIBRARYDIR to the directory containing Boost libraries or BOOST_ROOT
  to the location of Boost.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/macros.cmake:93 (find_package)
  cmake/cxxConfigure.cmake:87 (casava_find_boost)
  c++/CMakeLists.txt:33 (include)


-- Found LibXml2: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so 
-- using compiler: gcc version 4.9.1
-- Adding the c++    library subdirectory: common
-- Adding the c++    library subdirectory: io
-- Adding the c++    library subdirectory: alignment
-- Adding the c++    library subdirectory: basecalling
-- Adding the c++    library subdirectory: kagu
-- Adding the c++    library subdirectory: demultiplex
-- Adding the c++    program subdirectory: bin
-- Adding the c++    program subdirectory: BaseCalls
-- Adding the c++    program subdirectory: Demultiplex
-- Found Doxygen: /usr/bin/doxygen 
-- Doxygen: /usr/bin/doxygen. Dot: /usr/bin/dot.
-- Creating Doxygen config file: /tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/c++/Doxyfile
-- Configuring incomplete, errors occurred!
Couldn't configure the project:

/tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build/bootstrap/bin/cmake -H"/tmp/BclToFastq/src" -B"/tmp/bcl2fastq_v1.8.3-build" -G"Unix Makefiles"  -DCASAVA_PREFIX:PATH= -DCASAVA_EXEC_PREFIX:PATH= -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH= -DCASAVA_BINDIR:PATH= -DCASAVA_LIBDIR:PATH= -DCASAVA_LIBEXECDIR:PATH= -DCASAVA_INCLUDEDIR:PATH= -DCASAVA_DATADIR:PATH= -DCASAVA_DOCDIR:PATH= -DCASAVA_MANDIR:PATH= -DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=RelWithDebInfo

Moving CMakeCache.txt to CMakeCache.txt.removed
2
задан 26 July 2014 в 15:41

1 ответ

Исходный код Bcl2Fastq не компилирует на Ubuntu 14.04. Вот альтернативные инструкции для выполнения двоичного файла об/мин по телефону 14.04 (источник) :

sudo alien -i bcl2fastq-1.8.4-Linux-x86_64.rpm
sudo apt-get install build-essential
curl -kL http://install.perlbrew.pl | bash
echo >> ~/.bash_profile "source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc"
perlbrew install perl-5.14.4
perlbrew switch perl-5.14.4
perlbrew install-cpanm
cpanm XML/Simple.pm

Примечание:

  • Выполнение как некорневой пользователь.
  • Установка (сборка) процесс занял приблизительно 10 минут для моей среды.
  • можно также использовать "способность" вместо "склонного - добираются".
  • Для perlbrew, можно использовать "использование" вместо "переключателя" для устанавливания только для текущей оболочки. Вы, возможно, должны установить другие необходимые модули с помощью cpanm.
0
ответ дан 26 July 2014 в 15:41

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: