Как обновить среду Gnome после gpasswd

Если вам просто нужно, чтобы терминал отражал обновленное членство в группе, должно быть достаточно использовать su для «переключения» на того же пользователя, например

$ id -Gn
steeldriver adm dialout sudo staff sambashare
$ 
$ sudo gpasswd --add steeldriver lpadmin
Adding user steeldriver to group lpadmin
$ 
$ id -Gn
steeldriver adm dialout sudo staff sambashare

(по-прежнему отображаются старые группы), но затем

$ su - steeldriver
Password: 
$ id -Gn
steeldriver adm dialout sudo staff lpadmin sambashare

Если вам нужно, чтобы изменения были отражены в среде рабочего стола, то да, вам нужно выйти из системы и войти в новую сессию.