Как удалить зараженные файлы на share-сервере Ubuntu?

Это не из того, когда вы запускаете sudo. Но это тоже не проблема.

В сообщениях говорится:

Successful su for user by root

Это происходит всякий раз, когда вы входите в систему. Если вы входите в систему как реальный пользователь или как гостевой пользователь, экран входа в систему работает как root, поэтому он должен изменить идентификатор пользователя с root на пользователя не root как часть процесса входа в систему.

Это не [d1 ] нет становится root. Это root становится user.