Превышение виртуальной памяти в Ubuntu, очевидно, сказывается на производительности MySql

У меня есть несколько установок, использующих Ubuntu Server 10.04 и 12.04 LTS, работающие на выделенном сервере и VPS с различными хостинговыми компаниями.

Я столкнулся с проблемой, когда MySql, особенно при переходе на новый сервер или после обновления apt-get, работает исключительно медленно. Использование различных инструментов для поиска проблемы, в том числе «mysqltuner», «innotop» и «atop». Вот пример из «поверх»

Atop:
MEM | tot   31.4G | free   26.5G | cache 314.4M | buff   88.0M | slab   59.4M |
SWP | tot    1.0G | free    1.0G |              | vmcom  23.2G | vmlim  16.7G |
DSK |         sdb | busy    100% | read     153 | write    251 | avio   24 ms |

(строки SWP и DSK выделены красным)

MySQLtuner:

[--] Data in MyISAM tables: 37G (Tables: 11)
[--] Data in InnoDB tables: 13G (Tables: 79)
[!!] Total fragmented tables: 14

MySQL config:

innodb_buffer_pool_size = 20G
innodb_flush_method = O_DIRECT
innodb_log_file_size    = 200M
key_buffer_size     = 500M

Работа, которая обычно занимает около 30-60 минут, теперь занимает 4 часа и считается. Я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог пролить свет на то, почему это может быть, и предложить идеи для разрешения ситуации.