Netplan: как применить конкретный файл конфигурации YAML

Вы не делаете. netplan конфигурация является объединением всех yaml файлов в каталоге конфигурации; netplan apply вычисляет полную конфигурацию на основе этого набора файлов и представляет его для передачи бэкенду. Это поэтому недопустимо, чтобы попросить netplan apply применять только конфигурацию от одна из этих файлов, потому что любой из других конфигурационных файлов мог бы содержать настройки, которые изменяют конфигурацию интерфейсов, перечисленных в Вашем одном файле, и единственный путь netplan знает, является ли дело обстоит так путем загрузки всех файлов вместе.