Можно ли использовать несколько менеджеров пакетов?

Большинство графических инструментов, доступных на Ubuntu, - это просто передние концы для apt (muon, synaptic, aptitude, Ubuntu Software Center, ... попадают в эту категорию). С этим вы никогда не столкнетесь с проблемами. Однако они не могут работать одновременно, потому что они блокируют локальные файлы apt, что означает, что, например, вам нужно закрыть aptitude для запуска синаптики.

Однако установить совершенно другой менеджер пакетов, например, rpm или portage, невозможно. Если установлено более одного менеджера пакетов, вы, вероятно, столкнетесь с проблемами, если не будете принимать специальные меры предосторожности, поскольку они не знают о файлах, установленных друг другом и могут перезаписывать или удалять их.