На этот вопрос уже есть ответ здесь:
У меня есть компьютер с двумя жесткими дисками. На одном из них установлена windows 7. Другой пустой и отформатированный. Мне было интересно, как я могу установить ubuntu на второй жесткий диск, но не на первый.
Если вы удалите все разделы с неиспользуемого диска, в установке должно быть ясно, на какой диск устанавливать Ubuntu. Вы также можете отключить диск с Windows во время установки и настроить двойную загрузку после установки Ubuntu.