Установка комплексной реализации LAPACK под Ubuntu

Я хотел бы спросить, как правильно установить комплексный пакет LAPACK, например, предлагается пакетом Gentoo 'sci-libs / clapack' в среде Ubuntu.

Я не говорю об атласе, который предлагает лишь небольшую часть функциональности лапак, но более общее решение предлагает функции, например, для. проблемы собственных значений, такие как 'dstegr'.

Вот то, чего я добился до сих пор: моя любимая поисковая команда

apt-file search clapack.h

предложила только два возможных источника.

libatlas-dev: /usr/include/atlas/clapack.h
libfreefem++-dev: /usr/include/freefem++/clapack.h

Как уже упоминалось, версия атласа не то, что я хочу. Вариант libfreefem с другой стороны выглядит хорошо. Итак,

apt-get install libfreefem++-dev

Кроме того,

apt-cache search lapack

предлагает много, наиболее многообещающими являются строки

liblapack-dev - library of linear algebra routines 3 - static version
liblapack3gf - library of linear algebra routines 3 - shared version

, первый пакет из которых я установил. Теперь добавление

#include <freefem++/clapack.h>

в мою программу возвращает понятный длинный список ошибок в стиле

'integer', 'real', 'doublereal', ... не было объявлено в этом сфера

, как на самом деле они не были. В любом случае, я не ищу freefem или atlas, а просто работающую, пригодную для использования реализацию LAPACK, неужели такого нет в Ubuntu? получить полный заголовочный файл для 'liblapack-dev' "?

5
задан 27 November 2015 в 22:34

2 ответа

Найденный решением, которое работает на меня. Нижняя строка для тех, кто мог бы считать это в более позднее время и с подобной проблемой: Я перешел к домашней странице LAPACK, загрузил новую версию LAPACK как tar gz, распаковал его и следовал инструкциям, данным на инструкции по установке на том же сайте. Проблема я столкнулся: В Make-файле я должен был уменьшить строку

all: lapack_install lib blas_testing lapack_testing

кому:

all: lapack_install lib

После этого

make

дал мне./liblapack.a и./libtmglib.a.

Так так Фортран. Однако я хочу что-то для вставки в программу C. Это означает, что я также хочу LAPACKE.

Это может быть найдено в подкаталоге./lapacke/. Существует CMakeLists.txt, который я проигнорировал, назвав уже существующий Make-файл непосредственно (это коротко и легко читать, и это использует make.inc файл, который Вы создаете, когда Вы следуете, руководство по инсталляции упомянула aboce). Единственный недостаток здесь был отсутствием lapacke_mangling.h, который я должен был скопировать в./lapacke/include/.

Сделанный вызов, чтобы "сделать" из каталога./lapacke/работал без проблемы, создающей./lapacke.a, и я был готов записать немного демонстрационной программы:

/**
 * svd_demo.cpp
 * 
 * Given that you put version 3.5.0 into /opt/lapack/ compile this with: 
 * g++ svd_demo.cpp -I"/opt/lapack/lapack-3.5.0/lapacke/include" \
 *   -L"/opt/lapack/lapack-3.5.0" -llapacke -llapack -lblas -lcblas
 * The order of included libraries is important!
 */

#include <iostream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <cstdlib>
#include <cblas.h>
#include <lapacke.h>

using namespace std;

typedef double value;

/** Column major style! */
string matrix2string(int m, int n, value* A)
{
  ostringstream oss;
  for (int j=0;j<m;j++)
  {
    for (int k=0;k<n;k++)
    {
      oss << A[j+k*m] << "\t";
    }
    oss << endl;
  }
  return oss.str();
}

int main(int argc, char** argv)
{
  //> Part 1. Decomposition. -----------------------------------------
  char jobu  = 'A'; // Return the complete matrix U
  char jobvt = 'A'; // Return the complete matrix VT
  int mA = 2;
  int nA = 3;
  int lda = 2;
  int ldu = 2;
  int ldvt = 3;
  int lwork = 81;
  int info = 0;
  value* A = (value*)malloc(mA*nA*sizeof(value));
  value* U = (value*)malloc(mA*mA*sizeof(value));
  value* VT = (value*)malloc(nA*nA*sizeof(value));
  value* Svec = (value*)malloc(3*sizeof(value));
  value* work = (value*)malloc(lwork*sizeof(value));

  A[0] = 1; A[2] = 2; A[4] = 4;
  A[1] = 0; A[3] = 0; A[5] = 4;

  cout << "Matrix A (will be overwritten, as is documented):" << endl <<
    matrix2string(mA,nA,A);

  // Citing lapacke.h
  //lapack_int LAPACKE_dgesvd(int matrix_order, char jobu, char jobvt,
  //   lapack_int m, lapack_int n, double* a,
  //   lapack_int lda, double* s, double* u, lapack_int ldu,
  //   double* vt, lapack_int ldvt, double* superb);

  info = LAPACKE_dgesvd(LAPACK_COL_MAJOR, jobu, jobvt, mA, nA, A, lda, Svec, U, ldu, VT, ldvt, work);
  cout << "Ran dgesvd. Let's see ..." << endl <<
    "U:" << endl << matrix2string(mA,mA,U) <<
    "Svec:" << endl << matrix2string(1,nA,Svec) <<
    "VT:" << endl << matrix2string(nA,nA,VT) <<
    "Info Code: " << info << endl << endl <<
    "All is well." << endl;
  //< ----------------------------------------------------------------
  //> Part 2. Checking the result. -----------------------------------
  value* S = (value*)malloc(mA*nA*sizeof(value));
  S[0] = Svec[0]; S[2] = 0      ; S[4] = 0      ;
  S[1] = 0      ; S[3] = Svec[1]; S[5] = 0      ;

  // Citing cblas.h
  // void cblas_dgemm(const enum CBLAS_ORDER Order, const enum CBLAS_TRANSPOSE TransA,
  //   const enum CBLAS_TRANSPOSE TransB, const int M, const int N,
  //   const int K, const double alpha, const double *A,
  //   const int lda, const double *B, const int ldb,
  //   const double beta, double *C, const int ldc);

  // work := S*VT; (2x3)=(2x3)*(3x3)
  cblas_dgemm(CblasColMajor,CblasNoTrans,CblasNoTrans,mA,nA,nA,1,S,lda,VT,ldvt,0,work,lda)    ;
  cout << "Step 1: S*VT" << endl << matrix2string(2,3,work);

  // A := U*work; (2x2)*(2x3)
  cblas_dgemm(CblasColMajor,CblasNoTrans,CblasNoTrans,mA,nA,mA,1,U,ldu,work,lda,0,A,lda);
  cout << "A := U*S*VT:" << endl << matrix2string(mA,nA,A) << endl;
  //< ----------------------------------------------------------------
  free(A); free(U); free(VT); free(Svec); free(work); free(S);
  return EXIT_SUCCESS;
}

Который в моей системе теперь производит вывод

1       2       4
0       0       4
Ran dgesvd. Let's see ...
U:
-0.759729       -0.65024
-0.65024        0.759729
Svec:
5.89017 1.51851 0
VT:
-0.128982       -0.257965       -0.957506
-0.42821        -0.856419       0.288414
-0.894427       0.447214        -7.48099e-18
Info Code: 0

All is well.
Step 1: S*VT
-0.759729       -1.51946        -5.63988
-0.65024        -1.30048        0.437958
A := U*S*VT:
1       2       4
-9.63558e-16    -4.86265e-17    4

С точки зрения BLAS я установил

libblas-dev - Basic Linear Algebra Subroutines 3, static library
libblas3gf - Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library
libopenblas-dev - Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2

Следовательно, в Lapack основной Make-файл я использовал

BLASLIB = /usr/lib/openblas-base/libopenblas.a
6
ответ дан 27 November 2015 в 22:34

Я получил тот же результат, используя менеджер пакетов. Я сделал следующее:

sudo apt-get install libblas-dev checkinstall
sudo apt-get install libblas-doc checkinstall
sudo apt-get install liblapacke-dev checkinstall
sudo apt-get install liblapack-doc checkinstall

Библиотеки были в / usr / lib и включались в /usr/include.

Спасибо Маркусу-Герману за пример кода в предыдущем посте. Это помогло мне проверить это очень быстро. Используя каталоги установки по умолчанию, я использовал следующую команду:

g++ svd_demo.cpp -I"/usr/include" -L"/usr/lib" -llapacke -lblas
0
ответ дан 27 November 2015 в 22:34

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: