На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Когда я выбираю выключение в в правом верхнем углу, я получаю дополнительный вопрос в новом окне в центре экрана с большой кнопкой для выключения.
Как я могу напрямую закрыть Ubuntu 13.10 без лишних вопросов?
Откройте терминал и работайте gsettings set com.canonical.indicator.session suppress-logout-restart-shutdown true
. Это отключит диалоговое окно.