На этот вопрос уже есть ответ здесь:
На моем компьютере 2 диска по 320 Гб. Windows 7 установлена на диск C:
Как мне установить Ubuntu на диск D и сохранить возможность двойной загрузки?
Когда Вы добираетесь до окна "Installation type", выбираете опцию "Something Else". Я не помню точно, но я думаю, что это действительно позволяет Вам вручную сделать разделы для Ubuntu от любого диска, который Вы хотите.