Я устанавливаю OpenMM после инструкций по установке, найденных в Пользовательском Руководстве OpenMM.
Информация: Тестирование не может быть завершено, потому что мне завершили только 62%-е тестовые цели. Посмотрите рев.
Описание проблемы
make install
(или sudo make install
) дает следующее сообщение:
(base) bcramer@schrodinger:~/build_openmm$ make install
[ 62%] Built target ApiWrappers
[ 62%] Built target OpenMM
..............etc..........
[ 62%] Built target TestSerializeDrudeLangevinIntegrator
make[2]: *** No rule to make target '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so', needed by 'libOpenMMCudaCompiler.so'. Stop.
CMakeFiles/Makefile2:7253: recipe for target 'plugins/cudacompiler/CMakeFiles/OpenMMCudaCompiler.dir/all' failed
make[1]: *** [plugins/cudacompiler/CMakeFiles/OpenMMCudaCompiler.dir/all] Error 2
Makefile:140: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2
На основе ошибки я использовал:
stat /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so
stat: cannot stat '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so': No such file or directory
После этого я использовал:
sudo apt-file search /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so
Это дало ответ:
libnvrtc9.1: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so.9.1
libnvrtc9.1: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so.9.1.85
nvidia-cuda-dev: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so
Когда я работал
cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
файл libnvrtc.so
не присутствовал в обозначенном каталоге.
Я включал следующий путь в bash
среда для включения libnvrtc.so
:
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.2/lib64/stubs:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH
Файл libnvrtc.so
присутствует в /usr/local/cuda-9.2/lib64
.
Если я работаю stat /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so
снова, я продолжаю получать сообщение:
stat: cannot stat '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvrtc.so': No such file or directory
Вопрос: Как я могу решить эту проблему для создания make install
работа?
Я предложил бы установить соответствующие пакеты с
sudo apt install nvidia-cuda-dev libnvrtc9.1
Если выше сбоев я предложу удалить CUDA из /usr/local/cuda-9.2
для большего количества восстанавливаемых результатов.