У меня Thunderbird версии 24.4.0 и Ubuntu 14.04 - все свежее установлено. при загрузке почты они остаются на сервере. Я не нашел никаких настроек в Thunderbird, где указывалось бы ему удалять письма на сервере после их локальной загрузки. ты знаешь где это?
Войдите в настройки сервера и снимите флажок сообщение Отпуска на сервере .