Как изменить программу и все исполняемые ею подпрограммы?

Для запуска программы мне нужно изменить ее установочный файл на исполняемый файл. Я могу это сделать, но моя проблема в том, что программа вызывает некоторые подпрограммы, и они также должны быть исполняемыми. Есть ли способ изменить режим этих файлов сразу. Я не хочу делать все файлы исполняемыми, просто подпрограммы. Спасибо.