Я пытаюсь выполнить какую-то команду через php. вроде kill {process id} Эти команды отлично работают, используя командную строку putty, но то же самое, если я использую с php, ничего не произойдет.
Команда оболочки, которую Вы пытаетесь выполнить, будет работать с полномочиями процесса, выполняющего двоичный файл PHP (Т.е. апач, и т.д....), Когда Вы будете зарегистрированы на пути putty/ssh, команда уничтожения имеет Ваши полномочия.
, Если Вы suexec PHP / апач или не пытаетесь уничтожить процесс, принадлежавший тому же пользователю как то выполнение PHP/apache, Вы не собираетесь иметь много удачи.