Если вы не хотите менять свою тему, я боюсь, что это невозможно обойти это. Поскольку для nautilus версии 3.0 или выше требуются темы gtk-3, которые ваша текущая активная тема, безусловно, не поддерживается.
Если вы действительно хотите, чтобы nautilus был совместим с установленной темой, я бы предложил вам связаться с разработчиком темы для запроса на реализацию темы gtk-3 в этом. Если вы хорошо разбираетесь в css и javascript и чувствуете себя заинтересованными, я думаю, вы можете сами попытаться реализовать тему в gtk-3. См. Этот справочник по теме.