Вы можете отключить ярлык CTRL + W в Nautilus, добавив следующую строку в ~/.config/nautilus/accels, а затем перезагрузив:
(gtk_accel_path "<Actions>/ShellActions/Close" "")
Это устанавливает комбинацию клавиш (ускоритель) для действия закрытия до нуля вместо значения по умолчанию "<Primary>w".