Я синаптик, вы можете заморозить версию определенного пакета. Я не уверен на 100% относительно того, изменяет ли это apt-get, но это определенно остановит диспетчер обновлений.
Чтобы заморозить пакет выберите это в синаптической, затем откройте меню пакета и выберите версию замораживания.
Надеюсь, что это поможет
edit: Этот вопрос 16668 касается аналогичной ситуации