См. ошибки # 75332, # 158981 и # 72806.
Резюме состоит в том, что удержание на уровне apt-get / aptitude не вызывает статус удержания в dpkg (см., например, ошибку 72806) и update-manager читает статус из dpkg.
обходной путь запускается как root: echo "package hold" | dpkg --set-selections