Параметр сохраняется в /desktop/gnome/peripherals/keyboard/kbd/options в базе данных конфигурации GConf.
Убедитесь, что клавиша установлена правильно:
Нажмите Alt + F2 и введите gconf-editor в диалоговом окне и нажмите «Выполнить», перейдите к /desktop/gnome/peripherals/keyboard/kbd/options, убедитесь, что есть item caps:escape (как показано на предыдущем снимке экрана), а не caps:none.