Как мне настроить работу cron на Snappy?

Вы правы, Вы не можете отредактировать crontab в Мгновенном Ядре Ubuntu. Лично я просто создаю сервис, который спит. Например, скажите, что была операция, которую Вы хотели выполнить каждые 15 минут. Поместите его в сценарий оболочки, названный my_service.sh:

#!/bin/sh
while true; do
    do_my_thing
    sleep 15m
done

Делают это исполняемым файлом. Теперь создайте что-то как следующий snapcraft.yaml:

name: foo
version: 1
summary: My snap
description: My snap

apps:
  my-service:
    command: my_service.sh
    daemon: simple

parts:
  foo:
    plugin: copy
    files:
      my_service.sh: bin/

при установке получающегося снимка, у Вас будет тот сервис с do_my_thing выполнение каждые 15 минут. Если Ваши требования синхронизации более сложны (например, выполняемый каждое воскресенье в 0200), можно все еще осуществить это, но это, конечно, становится немного более сложным.