Как насчет http://zfsonlinux.org/
В нем есть понятие о пулах дисков, к которым вы можете подключать отсоединяющие диски, я не знаю, готово ли его производство, но все еще стоит проверить. [ ! d2]
Обычно /var/run/reboot-required устанавливается только тогда, когда ядро (я думаю, libc тоже) обновляется, службы перезапускаются при обновлении, а поскольку GNU / Linux - это модульная ОС, вам не нужно будет перезапускать почти все , но ядро.
Если ваша система не перезагружается, возможно, из-за отсутствия новых ядер. Если вы не уверены, вы можете проверить /var/log/unattended-upgrades/unattended-upgrades.log и unattended-upgrades-shutdown.log. apt также имеет некоторые крючки, которые запускают это, просто не нашли документацию.