В этом случае вы можете использовать webrtc-aec в
http://wiki.gentoo.org/wiki/PulseAudio
webrtc-aec Да Использует webrtc. org AudioProcessing library для улучшения VoIP-вызовов в приложениях, которые поддерживают его, выполняя акустическое эхоподавление, аналоговое управление усилением, подавление шума и другую обработку.
Вот документ, датированный 2013 годом по этому вопросу (удаление шума с помощью pulseaudio not webrtc-aec специально) http://wiki.gentoo.org/wiki/PulseAudio
«Мы представили первые результаты многоканального решения по уменьшению шума / эха, построенного на основе PulseAudio, и мотивировали проектные решения. Результатом этой работы стало несколько улучшений в структуре эхоподавления и обработки сигналов PulseAudio, которые были внесены во время цикла разработки версии 3.0 / 4.0 и должны способствовать будущим встроенным аудио-решениям Linux. Дальнейшая работа включает в себя оптимизацию кода для микширования аудиопотоков, более древние методы повторной дискретизации и реализацию эффективного AEC в многоканальном конвейере . "