https://01.org/linuxgraphics/downloads/intel-graphics-installer-linux-1.4.0 говорит что:
Этот релиз Графического Установщика предназначен для Ubuntu 15.10 или Fedora 23. Ubuntu 16.04 является уже текущей с последним стеком Q1 2016 Intel Graphics, и поэтому никакой Графический Установщик не необходим.
Поэтому Вы не должны были запускать установщик и даже если бы Вы сделали, то он не работал бы, который является тем, что Вы видели.