Моя проблема началась после того, как я обновился с ubuntu 14.04 до 16.04. Я имел обыкновение просматривать видео на VLC и не было проблем с мерцанием видео. Вещи, которые я пробовал: переустановка vlc, изменение выходного видеосигнала, переключение ускоренного вывода видеосигнала (наложение), переключение отбрасывания поздних кадров, пропуск кадров, тихая синхронизация, наложение выходного видеосигнала и мерцающий видеофильтр.
Тотем, однако, воспроизводит все видео безупречно.
проблема была вызвана настройками деинтерлейсинга. Я теперь использую yadif режим деинтерлейсинга.