Как вы постоянно устанавливаете лимит процесса для каждого пользователя (ulimit -u) в Ubuntu?
Измените /etc/security/limits.conf, внося изменения в примеры и требуемые лимиты.
Вам также необходимо добавить строку в файл /etc/pam.d/common-session:
session required pam_limits.so
Изменение в PAM-модулях может потребоваться в другом месте, но в целом common-session включая связанные конфигурации, например
$ grep common-session /etc/pam.d/sshd :
sshd:@include common-session