Терминал показывает больше файлов на рабочем столе, чем на самом деле

Это резервные файлы, gedit создает их для каждого отредактированного файла. Nautilus скрывает файлы .starting_with_dot или end_with_tilda.txt ~, если вы не сообщите ему показать скрытые файлы (ctrl-h или в меню).

Я считаю, что то, что вы видите в ls, является временным файлом и автоматически скрывается на рабочем столе. Файлы с ~ в конце иногда создаются текстовыми редакторами и другими программами, которые редактируют вещи. Система автоматически не удаляет их, а некоторые программы не могут их автовосстановить. Некоторые программы будут удалять файлы, а другие - нет. Файлы все еще есть, потому что ничего не удалено.

Вы можете легко удалить их, однако эта команда здесь для этого не была полностью проверена мной, поэтому будьте осторожны с использованием этого:

Я не уверен, что они автоматически скрываются на рабочем столе, но это то, что я считаю происходящим на основе того, что вы сказали.