Вы сможете сохранить все среды рабочего стола, которые вы устанавливаете. Они не разные дистрибутивы, действительно, как и Ubuntu Server и Desktop, нет - вы можете установить ubuntu-desktop на сервер и получить графический интерфейс. Это всего лишь разные наборы пакетов из архива Ubuntu.
Вы сможете загрузиться с любого из них с экрана входа в систему (lightdm, если это то, с чего вы начали), и все / большинство приложений могут запускаться из любого из них.