Вы не можете сравнить составной тип, если Вы не указали то, что Вы имеете в виду для равенства.

, Поскольку деталь исключения говорит, необходимо проверить примитивные значения (как Целое число в случае).

И лучше использовать Any() метод вместо этого.

var toRemove = db.Lecturers
     .Where(l => l.Courses.Any(p=>p.Id == courseFromDb.Id)).ToList();