Как вы можете изменить тему GTK Theme и Window Decorations отдельно в Unity?

В файле upgrade будут установлены обновления безопасности. Итак, короткий ответ - нет.

Полный ответ заключается в том, что для 9.04 обновления больше не предоставляются по мере того, как он закончился в конце своего жизненного цикла в октябре прошлого года. Вы должны серьезно рассмотреть возможность обновления до более новой версии (используя sudo do-release-upgrade). Используя 10.04 (это релиз LTS), вы получите php 5.3.