На этот вопрос уже есть ответ:
Я новичок в Ubuntu (и Linux в целом в качестве домашнего установщика / пользователя). Нужно ли мне беспокоиться о фрагментации файловой системы раздела Linux на жестком диске?
Нет. В то время как может быть немного фрагментации в системе Linux с помощью ext4 как Ubuntu, нет никакой потребности волноваться об этом.