Unix и Linux поддерживают только скрытые папки, которые находятся в каталоге ..
Если вы действительно хотите убрать их с пути, но хотите, чтобы у них не было . s, поместите их все в .hidden в тот же каталог, что и файл или папка, которые вы хотите скрывать. .hidden не будет отображаться файловым менеджером, и ваши файлы не будут иметь изменения имени.