Я использую cmus 2.6 (созданный из источника, поскольку версия в репозитории давала segfault на добавляющей музыке), и это просто не обнаруживает дорожки m4a.
Я проверил плагины, и aac плагин действительно установлен. Я использую Ubuntu 14.10.
Я здесь в 2019 с ответом! Отчасти. Idk о компиляции из источника, но использовании диспетчера пакетов:
Установка cmus-plugin-ffmpeg пакет для добавления поддержки m4a, среди других