Где база данных сохранения сделана в mysql-инструментальных-средствах?

MySQL является базой данных, и Вы, как ожидают, будете взаимодействовать с базой данных через инструменты (MySQL Workbench, mysql инструмент командной строки, и т.д.), а не непосредственно взаимодействовать с файлами на диске.

, Чтобы сделать резервное копирование, например, Вы сделали бы дамп SQL своей базы данных вместо того, чтобы копировать сами файлы базы данных.

Для нахождения файлов выполните команду show variables where Variable_Name = "datadir" SQL —, но снова, Вы не должны взаимодействовать непосредственно с этими файлами регулярно.