Во-первых, вы не сможете просто скопировать файлы в каталоге .gconf, в то время как ваш пользователь будет включен в систему, поскольку исполняемый экземпляр будет иметь приоритет, а изменение файлов из-под процесса будет иметь никакого эффекта.
И Shotwell использует dconf для сохранения своих настроек сейчас, поэтому вам, скорее всего, придется экспортировать их из одной установки, а затем импортировать их в новую установку. Я не знаю, имеет ли у Shotwell какие-либо функции экспорта / импорта для резервного копирования и восстановления настроек, но некоторые приложения делают.
Чтобы экспортировать / импортировать из / в gconf во время его работы, вы можете использовать gconftool утилита командной строки с параметрами --dump и --load. К сожалению, кажется, что команда gsettings не имеет аналогичных параметров.