На этот вопрос уже есть ответ здесь:
У меня двойная загрузка Windows xp и Ubuntu. У меня есть Net Protector Antivirus в Windows, но я не могу открыть его в Ubuntu через Wine. Пожалуйста, дайте мне решение. Заранее благодарим.
Альтернатива должна была бы установить clamav, который находится в репозиториях и является ВЫШИВАЛЬНЫМ ШЕЛКОМ. Мы используем его на работе для сканирования почты в многоплатформенной среде. Вы могли также использовать bitdefender, который работает хороший над человечностью, если это - некоммерческий ПК использования. Вообще антивирусное программное обеспечение не поможет против угроз против гну/Linux. Я понимаю однако, что Вы хотите защитить свою установку окон от загрузки с локального устройства вирусов.