Откройте файлы (ака Nautilus) и перейдите в папку «Рабочий стол» в разделе «Домой». Нажмите на меню гамбургера (кнопка с тремя горизонтальными линиями вверху справа) и уменьшите размер значка, нажав кнопку «Уменьшить». Это также должно уменьшить размер значков на рабочем столе.