В настройках машины VirtualBox просто отключите «3D-ускорение».
Запустите терминал и введите ls --color, это результат в цвете?
Попробуйте выйти из своего рабочего стола и снова войти, снова проверьте ls в терминале - что происходит?
Если выше не помогло, вы можете псевдоним ls - ls --color в ~/.bashrc .. просто добавьте строку к этому файлу: alias ls='ls --color'