uninstall applications

Вот в чем разница между, удаляют и производят чистку

склонный - добираются, удаляют листы нечто файлы конфигурации системы.

склонный - добираются, нечто чистки удаляет системные файлы также

, Видят , http://manpages.ubuntu.com/manpages/wily/en/man8/apt-get.8.html

удаляет, удаляют, идентично установке за исключением того, что пакеты удалены вместо установленного. Обратите внимание, что удаление пакета оставляет свои конфигурационные файлы в системе. Если знак "плюс" будет добавлен к имени пакета (без прошедшего пространства), то определенный пакет будет установлен вместо удаленного.

и чистка

чистка чистки идентична для удаления за исключением того, что пакеты удалены и очищены (любые конфигурационные файлы удалены также).

Обе опции оставляют конфигурационные файлы в $HOME однако, необходимо вручную найти и удалить файлы в $HOME

, Каковы они?

JB-controlpanel.desktop     
JB-java.desktop             
JB-javaws.desktop           
JB-jconsole.desktop         
JB-jvisualvm.desktop        
JB-mission-control.desktop  
JB-policytool.desktop 

Это Средства запуска Единицы для Приложений Oracle, использованных для управления виртуальной машиной Java, на которой работает Phpstorm. Другие, я предполагаю, связанная единица.

, как я удаляю их?

Как обычный файл

я должен удалить их прежде, чем установить шторм php снова?

я не был бы, если Вы не знаете то, что Вы делаете, в дополнение к тому, чтобы быть удобством, средства запуска иногда содержат необходимую информацию для запуска приложения. Например - на Ubuntu - Phpstorm должен быть запущен с некоторыми специальными опциями, переданными ему при вызове.
вот мой /usr/share/applications/phpstorm.desktop

[Desktop Entry]
Name=Phpstorm_8.02
Exec=/bin/bash -l -c phpstorm
Terminal=false
Icon=/opt/PhpStorm-139.496/bin/webide.png
Type=Application
Categories=Developer;
Version=8.0

-l -c, переключатели избегают некоторого нежелательного поведения в Phpstorm 8 - например, функция бегуна задачи пехотинца не будет работать правильно

Вы не должны удалять файлы вручную. Сначала проверьте пакеты, которые содержат файлы. Сделать это в очевидном способе, установке apt-file и тест с apt-file search и dpkg -S.

sudo apt-get install apt-file
apt-file update

Теперь создайте простой файл с названиями файлов на рабочем столе,
в моем примере с именем foo, например:

JB-controlpanel.desktop
JB-java.desktop                      
JB-javaws.desktop                    
JB-jconsole.desktop                  
JB-jvisualvm.desktop                 
JB-mission-control.desktop           
JB-policytool.desktop                
unity-sound-panel.desktop
unity-tweak-tool.desktop
unity-universal-access-panel.desktop
unity-user-accounts-panel.desktop
unity-wacom-panel.desktop
unitywebappsqmllauncher.desktop
update-accounts.desktop

Теперь работайте awk управляйте для показа пакетов каждого файла с командой apt-file search:

awk '{printf "\n### %s ###\n",$1; system("apt-file search --regex /usr/share/applications/"$1"$")}' foo

Пример произвел в моей системе:

$ awk '{printf "\n### %s ###\n",$1; system("apt-file search --regex /usr/share/applications/"$1"$")}' foo 

### JB-controlpanel.desktop ###

### JB-java.desktop ###

### JB-javaws.desktop ###

### JB-jconsole.desktop ###

### JB-jvisualvm.desktop ###

### JB-mission-control.desktop ###

### JB-policytool.desktop ###

### unity-sound-panel.desktop ###
unity-control-center: /usr/share/applications/unity-sound-panel.desktop

### unity-tweak-tool.desktop ###
unity-tweak-tool: /usr/share/applications/unity-tweak-tool.desktop

### unity-universal-access-panel.desktop ###
unity-control-center: /usr/share/applications/unity-universal-access-panel.desktop

### unity-user-accounts-panel.desktop ###
unity-control-center: /usr/share/applications/unity-user-accounts-panel.desktop

### unity-wacom-panel.desktop ###
unity-control-center: /usr/share/applications/unity-wacom-panel.desktop

### unitywebappsqmllauncher.desktop ###
unity-webapps-qml: /usr/share/applications/unitywebappsqmllauncher.desktop

### update-accounts.desktop ###
unity-control-center-signon: /usr/share/applications/update-accounts.desktop

И второй тест с awk и dpkg -S

$ awk '{printf "\n### %s ###\n",$1; system("dpkg -S "$1)}' foo

### JB-controlpanel.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-controlpanel.desktop*

### JB-java.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-java.desktop*

### JB-javaws.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-javaws.desktop*

### JB-jconsole.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-jconsole.desktop*

### JB-jvisualvm.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-jvisualvm.desktop*

### JB-mission-control.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-mission-control.desktop*

### JB-policytool.desktop ###
dpkg-query: no path found matching pattern *JB-policytool.desktop*

### unity-sound-panel.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-control-center:unity-sound-panel.desktop

### unity-tweak-tool.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-tweak-tool:unity-tweak-tool.desktop

### unity-universal-access-panel.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-control-center:unity-universal-access-panel.desktop

### unity-user-accounts-panel.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-control-center:unity-user-accounts-panel.desktop

### unity-wacom-panel.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-control-center:unity-wacom-panel.desktop

### unitywebappsqmllauncher.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-webapps-qml:unitywebappsqmllauncher.desktop

### update-accounts.desktop ###
app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/unity-control-center-signon:update-accounts.desktop

В первом столбце Вы видите название пакета, например. unity-tweak-tool, и Вы не должны вручную удалять файлы во втором столбце. Необходимо удалить пакеты, если это действительно необходимо. Но Вы могли удалить файлы без пакета, например. JB-controlpanel.desktop в выводе выше, с командой как это:

sudo rm JB-controlpanel.desktop

и так далее.