Проверьте следующее:
Вы изменили право собственности на каталог Eclipse на своего пользователя / группу, и вы проверяли права на файл? Они могут быть настроены на root. У вас работает 64-битная система Ubuntu? Вы установили Java (JVM / JDK) - если да, то это противоречит требованиям к версии?Несколько советов можно найти здесь и в Eclipse Wiki