Этот вопрос уже имеет ответ здесь:
Hai У меня есть windows 10 наряду с Ubuntu 15.04 У меня есть Ubuntu 15. 10 update available but if I upgrade Ubuntu to 15.10 then will my windows 10 partition gets deleted ?
Если во время обновления Вы используете начальную загрузку для удаления других разделов - тогда да, но это не настройка по умолчанию, и не должно быть никакой причины этого для случая.
Просто обращают внимание на то, какое программное обеспечение Вы активируете, и в какой уровень. Вы могли бы найти это полезным:
https://help.ubuntu.com/community/Installation/UpgradeFromOldVersion