У меня такая же проблема, и, хотя неясно, почему это происходит, обходным путем является очистка журналов zeitgeist-fts.
Вы можете сделать это в терминале (Ctrl + Alt + T):
zeitgeist-daemon --quit
rm -r ~/.local/share/zeitgeist/fts.index
zeitgeist-daemon --replace &
После этого zeitgeist вернется к работе с низким объемом памяти.