Можно ли шифровать жесткие диски? Если да, то как? Можно ли использовать его для каждого отдельного диска или придется шифровать все сразу?
не совсем уверенный, где Вы в с Вашей установкой Ubuntu (существующие, или только запускающийся). Самый легкий должен зашифровать Ваш полный диск во время установки, как здесь . Если у Вас есть несколько дисков, можно зашифровать дополнительные диски позже. Здесь хорошая рецензия, которая описывает, как зашифровать дополнительные диски, такие, что они будут разблокированы, когда Вы дешифруете свой диск входа в систему. Я могу засвидетельствовать, что это хорошо работало для меня с Ubuntu 15.10.
sudo apt-get install cryptsetup
sudo modprobe dm_crypt
Для большего количества информации, посетите здесь