Я обычно устанавливаю Skype со своей страницы загрузки: http://www.skype.com/en/download-skype/skype-for-computer/
Не уверен прямо сейчас, но версия из хранилища были довольно старыми, и если вы загрузите пакет deb, который будет устанавливать очень плавный.