Как я могу выполнить gedit с другой конфигурацией

Это, кажется, не поддерживается прямо сейчас, не видит этот восходящий отчет об ошибках.

Однако Вы могли создать обертку для gedit, который устанавливает определенные плагины, которые Вы хотите через gconftool-2.

Это посмотрело бы что-то как:

#!/bin/bash
old_config=$(gconftool-2 --get "/apps/gedit-2/plugins/active-plugins")
gconftool-2 --set --type list --list-type string "/apps/gedit-2/plugins/active-plugins" "[$1]"
gedit
gconftool-2 --set --type list --list-type string "/apps/gedit-2/plugins/active-plugins" "$old_config"

Теперь сохраните это где-нибудь как, например, gedit_profile и сделайте его исполняемым файлом:

chmod +x  gedit_profile

Для загрузки различных профилей просто назовите его с разделенным запятыми списком плагинов, которые Вы хотите включить, например:

/path/to/gedit_profile "terminal,colorpicker"

[Конечно, затем можно поместить это в отдельные средства запуска.]