Добавьте в свой файл ~/.gtkrc-2.0 следующее (создайте одно, если оно не существует):
style "nautilus-sidepane"
{
GtkTreeView::even_row_color = "#F2F1F0"
}
widget_class "*NautilusSidePane*" style "nautilus-sidepane"
Затем выйдите из системы и вернитесь (или перезапустите Nautilus с nautilus -q или измените к другой теме и обратно к старой).