Я создал новую папку в корневом каталоге и поместил загруженную программу в этой папке, как сделать и эту папку и программу доступными для поиска системой при использовании быстрой утилиты запуска/поиска?
Можно отметить папку, которую Вы хотите доступный для поиска через Наутилус. Просто откройте Nautilus, выберите свою папку и нажмите Ctrl+D или перейдите к Закладкам>, Добавляет Закладка в меню. Это должно затем появиться под Любимыми Папками наряду со значениями по умолчанию в поиске файла Единицы, и файлы в нем должны также стать доступными для поиска.