Меню в файловом менеджере и рабочем столе, оба, которыми управляет Наутилус, не имеют теней позади них, когда другие меню GTK делают? Я выполняю собственные драйверы Nvidia с Compiz, между прочим.
Это - известная проблема с поддержкой прозрачности окна RGBA в Элементарном Наутилусе.
Решение состоит в том, чтобы отключить его:
Отредактируйте ➜ Предпочтения ➜ Тонкие настройки ➜, Снятие флажка 'Включают rgba прозрачность'
Наутилус перезапуска:
killall nautilus